Se serve de amparo, tudo dá problema, prestashop, magento, wp, joonla entre outros
A melhor coisa em fazer é isolar as variáveis e host é um deles. Preferi colocar tudo num VPS onde tenho controle de tudo (tudo é muito absoluto mas pelo menos está boa parte na minha mão) do que ficar na mão das tradicionais hospedagem.
Apesar de não ser a melhor opção, coloquei fora do Brasil por achar mais confiável, não pelos profissionais mas aqui o investimento é risco e quem está fazendo certo inviabiliza pros nanicos (meu caso)
Já tive opencart e optei em usar prestashop mesmo sendo um pouco mais pesado. Depois achei um módulo que só roda nele e embora o fornecedor seja mais ou menos é o único que encontrei.
Se ajudar, vou passar o procedimento que faço:
Nunca faço essas atualizações de baciada e normalmente só quando preciso usar que atualizo, os inabilitados nem passo perto
Estou deixando uma loja espelhada, inseri no mesmo dominio um teste.meudominio.com com os mesmos módulos e sempre testo nele as mudanças e se a loja principal bugar por algum motivo, que eu desconheço, subo a outra embora perca os clientes cadastrados ela fica ativa numa noite