Vas a atributos y valores, creas un atributo que sea Costes adicionales, y luego creas dos valores para ese atributo, por ejemplo el valor Recargo por Tamaño, y el Valor Recargo por Peso.
Después vas a la ficha de un producto que vaya a tener costes adicionales por alguno de esos motivos, vas a la pestaña de combinaciones y en la parte superior derecha le das al símbolo + con circulo verde que pone Nueva Combinación. Eliges en el desplegable de atributo Costes Adicionales, y el el desplegable Valor, por ejemplo pones Recargo por Peso, y un poco por debajo indicas en Impacto en el Precio la opción Incremento, o en impacto en el precio por unidad la opción de incremento.
Yo lo configuraría mas o menos así, y luego dependiendo de como salga en los PDF y en los mails haría alguna corrección más si fuera necesaria. Espero que te sirva.