Hasta donde se, el numero de envío solo la graba en la base de datos de prestashop, pero aftership lo cambia hasta que se sincronice ya sea de forma automática o manual según el plan que tengas.
Si tienes la cuenta gratuita este se sincroniza cada media hora o algo así, es por eso que no ves los cambios inmediatos.
Si tienes una cuenta de pago, este se debe sincronizar en automático.
Verifica que desde aftership en la pestaña de apps tienes la sincronización con la tienda, de lo contrario te dara los problemas que mencionas.