Hola Anjhana,
Puedes probar a reinicializar los módulos de "menú principal" y "enlaces del árbol de categorías" a ver si te vuelven a salir las categorías por defecto. Ten en cuenta que se perderán las categorías que hayas creado. Si aparecen puedes trabajar con esas primero modificándolas en vez de eliminarlas.
Si eso no funciona y estás trabajando con una versión en servidor, puedes probar a hacer copia nueva en local, y luego sustituir las carpetas que tengan que ver con categorías, módulos de categorías y menú principal de la nueva en la instalación de la otra que te da problemas.
Si aún no tienes muy avanzada la tienda y no tienes la última versión de prestashop (1.7.6) también puedes actualizar.
Un saludo.