Vous êtes sur un serveur mutualisé ou vous faites la mise à jour en local ?
Attention ne pas faire de mise à jour directement sur le serveur et si vous êtes en mutualisé vous devez absolument la faire en local pour vous affranchir des restrictions techniques d'un hébergement mutualisé sinon vous allez manquer de puissance et la mise à jour va très probablement planter !
Concernant votre erreur, peut être un problème de connectivité avec les serveurs de prestashop ?