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Buenas tardes, pueden ser muchos los motivos. Qué servidor teneis? es un hosting compartido? 

Prueba a deshabilitar módulos no nativos y los overrides para descartar que sea por algún módulo o override el que esté consumiendo la cpu.

Utilizas la caché de prestashop o tienes algun modulo de caché?

Puedes intentar a optimizarlo como comentan en este hilo: https://www.prestashop.com/forums/topic/192405-tutorial-optimización-básica-en-prestashop/

Un saludo.