Ah ! Merci merci merci Janett !!
En vidant le dossier /var/cache/ (depuis le FTP) le problème a été résolu, c'était donc bien un problème de cache !
Je vais quand même voir cette histoire de serveur en parallèle, je confirme que ce n'est pas une bonne chose de rester en CHMOD 777...
Merci encore d'avoir pris le temps de me répondre 
!
[EDIT]
Effectivement les fichiers du serveur étaient en propriétaire "root", je les ai passés sur le même utilisateur que PHP, et je peux désormais avoir des dossiers en CHMOD 755 et fichiers 644 sans déclencher d'erreurs de lecture.
Merci beaucoup de votre aide efficace !