Comprueba que en el modulo de filtros tengas activado Mostrar productos de subcategorías
En preferencias, mostrar productos cambia, mostrar 9999
Que los productos estén en la categoría por defecto y que ademas este en las categorías padre
Lo que quieres quitar no es aconsejable, la unica manera es editando el codigo y los ficheros tpl.
PD: Fondo azul en la web? y letras en rosa?