Hola, @gusman126.
Eso que comentas ya lo he hecho. Te explico cómo lo tengo configurado:
Tengo creadas 3 zonas, que son España peninsular, España Baleares y España Canarias. Y en las provincias, tengo todas las provincias de España asignadas en una de estas 3 zonas. Sólo tengo activas las zonas "España península" y "España baleares", que son las que tienen precio en el transportista activo (el único que hay). El resto de zonas están desactivadas. Y, aún así, me sigue sacando envío gratuito cuando alguien añade un artículo al carrito y no ha iniciado sesión.