1- resulta que cuando hago cambios en la URL de un producto, en las herramientas web master indexo la nueva URL y me sale el mensaje de la imagen. ¿Qué debo hacer?
No puedes hacer nada ni tu ni nadie, google indexara las urls nuevas cuando el quiera. Una cosa es q te detecte la url y otra q te la indexe, pueden pasar dias o semanas pra q esto pase Puedes forzar cada día unas 50 urls manualemnte para su indexacion, que es lo que hacemos todos para indexar las urls rapidamente.
2- La segunda pregunta es: Como cambiar la estructura de las URLS de producto para poner el id al final? Porque cuando lo hago me da problemas.
A q te refieries con problemas? Desde SEO + URLS puedes cambiar las estructuras de las urls
3- Si pongo un módulo que elimina las ID de producto y de las categorías, afectará positivamente o negativamente al SEO?
No, asi de simple. Ni mejorara ni empeorara tu seo por tener o no tener ids.
Suerte