Przy aktualizacji z 1.6.1.0 do 1.6.1.23 nie powinno być niezgodności.
Należy wykonać pełną kopię (pliki i baza + tłumaczenia jeśli są zmieniane) i po prostu zaktualizować domyślnym modułem aktualizacja 1 kliknięciem.
Najlepiej też wcześniej uruchomić kopię sklepu a tym samym serwerze i to na niej sprawdzić czy aktualizacja nie powoduje problemów.