Ich würde einerseits sagen, du denkst zu kompliziert, denn jetzt müßtest du die Versandkosten gemäß dem Anteil des Warenwerts aufsplitten und dem jeweiligen Steuersatz zurechnen, das macht in der Praxis kein Mensch, die würde ich einfach immer dem höchsten in der Bestellung vorhandenen Steuersatz zuschlagen, das Finanzamt wird dies wohlwollend akzeptieren und alles ist gut.
Und wenn man den Versand als eigene Leistung verrechnet, dann ist man auf der sicheren Seite und verrechnet einfach immer 19%, das gibt dann überhaupt keine Probleme mehr.
BTW: ich kann mir sowieso nicht vorstellen, dass die Rechnungsstellung im Shop in allen Belangen den Vorgaben einer ordentlichen Buchführung genügt, vor allem dann nicht, wenn der Shop nur einer von mehreren Vertriebswegen ist.