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Me contesto yo mismo por si a alguien le sirve.

El acceso denegado a ciertas partes del BO es por los permisos de usuarios, al actualizar por el motivo que sea los perfiles de usuario no tienen bien asignados los permisos, para solucionarlo se puede hacer mediante una consulta sql o algo chapucero sería crear un nuevo perfil de usuario, por ejemplo SuperAdminv2, asignar todos los permisos y dar al empleado el permiso SuperAdminV2.

El array que me mandaba el error: [Ajax / Server Error for action upgradeModules] textStatus: "error " errorThrown:"Service Unavailable " jqXHR: " array(    'country'    => 'DE', 'active'    => '0', 'costs'    => '', 'free'    => '', 'type'    => '' ), 'AT'    =>    array(    'country'    => 'AT', 'active'    => '0', 'costs'    => '', 'free'    => '', 'type'    => '' ), 'FR'    =>    array(    'country'    => 'FR', 'active'    => '0', 'costs'    => '', 'free'    => '', 'type'    => '' ), 'IT'    =>    array(    'country'    => 'IT', 'active'    => '0', 'costs'    => '', 'free'    => '', 'type'    => '' ), 'GB'    =>    array(    'country'    => 'GB', 'active'    => '0', 'costs'    => '', 'free'    => '', 'type'    => '' ), 'PL'    =>    array(    'country'    => 'PL', 'active'    => '0', 'costs'    => '', 'free'    => '', 'type'    => '' ), 'ES'    =>    array(    'country'    => 'ES', 'active'    => '0', 'costs'    => '', 'free'    => '', 'type'    => '' )    ); }

Era causado por otro modulo que ya localicé, se llama idealoCSV, lo he desinstalado antes de actualizar y ya no aparece ese mensaje.

El error al acceder al FO Fatal error: Call to undefined method Tools::addCSS() in C:\AppServ\www\rgo3\modules\blockhtml\blockhtml.php on line 614 he renombrado la carpeta del modulo blockhtml a _blockhtml y ya me carga el Front. Después localicé otros errores en módulos, que eran Loyality y Referral Programs (creo que son nativos, pero no estoy seguro :S), los he renombrado con el "_" delante y ya no aparecen esos errores.

Probablemente haya más errores pero de forma visual son los que he podido localizar.

Lo unico que no he podido solucionar es el mensaje de [INTERNAL] C:\AppServ\www\rgo4\classes\controller\FrontController.php line 352 - Trying to get property of non-object

Espero que a alguien le sirva mi experiencia, al final aunque he podido actualizar de versión, es toda una odisea y es mucho más práctico y limpio instalar la versión que quieras y migrar los datos. Ese es el siguiente paso que tengo que dar (si tengo algun problema ya os iré diciendo).

Saludos!