Bei meinem 1.6er-Shop wird die unter "Varianten" eingestellte Sortierung im Shop (FrontOffice) berücksichtigt, nur bei der Anzeige bei den Artikeln im BackOffice sowie bei einer BackOffice-Bestellung nicht (nur wird das wohl nur wenige User stören).
Ich nehme an, daß die Sortierung im BackOffice nach der Varianten-ID erfolgt, in deinem Beispiel müßtest du dann VAR5 löschen und neu einfügen. Oder die Sortierung im Quellcode ändern oder als Bug / Featurewunsch melden.