En lisant ta réponse, voila ce qui me revient : en configuration "Arrondir le total" j'avais le problème avec Paypal (certaines commandes étaient en erreur de paiement (80%...) voire même parfois pas créées du tout en B.O. ...) et si je mettais en "arrondir ligne par ligne" c'était la TVA qui était fausse...
Il est probable que si tu configure en "arrondir le total" que tu n'ai plus le problème...