Desaparecen combinaciones y sus cantidades en Prestashop 1.6

[cespues]

Hola, desde hace unas semanas nos ocurre que están desapareciendo combinaciones (Color y Talla) y sus cantidades, parece algo un poco aleatorio, sólo desaparecen de productos que están activados y se pueden ver en el front, pero llevo semanas investigando en foros, mirando el servidor (PLESK), analizando y depurando la web....pero no damos con la tecla. 

No tenemos claro si es malfuncionamiento de esta versión de PS, o bien es una inyección SQL o similar...etc Hemos dejado la web con lo mínimo, desactivando todos los módulos sospechosos, analizando en busca de virus, troyanos y malware, limpiado lo que parecía "raro"... pero no hay manera de saber porqué pasa eso....Estamos actualizando a PS 8, pero entre que termino de migrar la tienda, tenemos que estar cada día reponiendo combinaciones y cantidades, comparando con lo que se ha vendido y lo que ha desaparecido, y los que gestionan el stock están a punto de perder la cabeza.

¿Alguien ha tenido este problema o similar? O sabe cuál es la causa y posibles soluciones?

Si alguien puede dar aunque sea una pista, sería de gran ayuda, gracias.