Bonjour,
Les thèmes Prestashop ont chacun un fichier de configuration. Lorsque vous installez ou activez un thème sur votre boutique, Prestashop va lire ce fichier de configuration et appliquer les instructions qui s'y trouvent. Parmi ces instructions, il y a notamment la liste des modules utilisés par le thème qui doivent être activés. C'est pour cela que lorsque vous basculez d'un thème à l'autre, les modules que vous aviez désactivés manuellement sont de nouveau activés.
Pour ce qui concerne le fond de couleur rouge sur le header du thème enfant, il doit certainement y avoir des instructions CSS dans ce thème enfant qui correspondent à l'application de ce fond coloré.