Buenas, a mí me pasaba algo parecido, desde que quité los ID de los productos a las URLs amigables, me encontré con que había productos a los que no podía entrar. O bien daban error 404, o directamente entraba en otro producto distinto.
No debí quitar el EAN ni ID de Productos porque los que se llaman igual pero tienen tallas o tamaños distintos, no se accede, porque es la misma URL.
Por ejemplo, mi tienda tiene perfumes que son de distinto tamaño, pero tienen la misma URL si no se pone el EAN y el ID
/eau-de-toilette-unisex/atkinsons-english-lavender-eau-de-toilette
Si ponemos la URL sin EAN e ID, se ve la misma URL para los dos, y solo entra en uno, o bien se produce un error 404.
La URL para los productos tiene que ser:
{category:/}{rewrite}-{ean13}-{id}.html
Nunca ponerla sin ID ni EAN: {category}/{rewrite}
Con la URL bien con el EAN, los productos se distinguen bien cuando el tamaño es diferente pero el título es igual:
/eau-de-toilette-unisex/atkinsons-english-lavender-eau-de-toilette-8011003865796-4380.html
/eau-de-toilette-unisex/atkinsons-english-lavender-eau-de-toilette-8011003865772-4381.html
Echa un vistazo por ahí, porque puede que sean las URLs lo que te está produciendo el problema... Mi tienda tiene 39.000 productos y sé perfectamente los jaleos que supone controlar esos volúmenes de datos.
Suerte.