Problème résolu !
J'avais un décalage d'id_cart entre mes paniers et mes commandes.
J'ai exécuté une requête sur mes tables cart et orders :
SELECT id_cart FROM `mod200_cart` ORDER by id_cart DESC LIMIT 1;
SELECT id_cart FROM `mod200_orders` ORDER by id_cart DESC LIMIT 1;
Ma table cart affichait un nombre de 2 unités supérieures à ma table orders, 5478 contre 5476, j'ai donc incrémenté ma table cart avec cette requête :
ALTER TABLE`mod200_cart` AUTO_INCREMENT = 5500;
Maintenant tout s'affiche correctement pour les nouvelles commandes du BO ainsi que sur les factures client. Par contre ça n'a pas rectifié les commandes qui avaient buguées, reste à voir mais ça ne me dérange pas donc je laisse ainsi. L'important c'est que tout soit revenu en ordre.
EDIT : Dans la table order_detail j'ai renseigné manuellement les prix unitaires et les déclinaisons manquants sur ces fameuses commandes buguées, du coup les factures sont correctement renseignées. Certes un peu fastidieux et méthode archaïque, mais voilà je ne savais pas faire autrement.