Bei den Einstellungen für die Zahlungsarten kannst du für jede Zahlungsart einstellen für welche Länder diese verfügbar ist (ich weiß jetzt allerdings nicht ob da das Rechnungsland oder das Lieferland entscheidend ist) und auch für welche Lieferarten.
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Hast du die Einstellungen für diese Zahlungsart überprüft? Dort weist du ja die Gebiete zu für die die Zahlungsart gilt und wie hoch jeweils die Versandkosten sind.