Buenos días,
La cache ya la limpie ayer y me espere unas horas para hacer la prueba por si había cualquier cosa, y tampoco funcionó. Yo estaba copiando el documento directamente a la carpeta en /src/mails/es. Ahora si que lo he actualizado en la carpeta que me comentas y si que se ha cambiado el idioma (bien), pero sigue estando la plantilla desconfigurada.
También donde he realizado algún cambio anteriormente es en International > Translations > Modify translations > Type of translation: Email translations > Select the type of email content: Body > Select your theme: nombre del tema > Select your language: Español.
No sé porque sale todo desconfigurado en español.
Muchas gracias por tu ayuda, un saludo.