De mon côté je ne compile jamais en production. Tout ce qui est changement et test son fait sur une Preprod et/ou en local puis, une fois tous mes fichiers compilés, je push ce que j'ai besoin sur ma Prod.
Sinon, laissez ce dossier en production pour que ce soit plus simple mais n'oubliez pas de ne surtout pas laisser le dossier node_modules qui est vraiment l'origine des failles de sécurités. Sans lui vous ne devriez pas risquer grand chose de ce côté.