Bueno ni preguntéis el motivo, desconozco porque he tenido que hacer todos los cambios, por si alguien le sirve:
1.- Revise todos los módulos y vi que todos están en minúsculas entonces CTMSoftware --> ctmsoftware2 de paso lo llamo versión 2 y cambio TODOS los ficheros y referencias al nuevo nombre.
2.- Revisando uno de los módulos module\dashgoals\ me fije que en controllers\admin\AdminDashgoalsController.php cambiar a controllers\admin\AdminCtmsoftware2Controller.php
3.- Dentro de la clase tenía extents AdminController lo cambie como dashgoals -> extents ModuleAdminController
4.- Desinstalar la versión anterior y asegurarme por FTP que no existe nada.
5.- Borrar cache desde la opción de menú y vía FTP desde la carpeta /var/cache directamente borre las carpetas dev y prod.
6.- Subir el nuevo módulo 2.0.0, comprobar que accedo a la única opción disponible, funciona bien.
7.- Subir una versión 2.0.1 para agregar las subopciones y comprobar que funciona.
8.- Probar que lo anterior funciona en producción
Ya tengo el módulo operativo en ambos dominios, ahora voy a revisar que la funcionalidad es la que debe, porque se han realizado demasiados cambios de nombres.