Hola Vellsoter,
Si vas a hacer una tienda con varios idiomas, no utilices multitienda, ya que para eso está la opción multiidioma en prestashop, te va a resultar mucho más complicado de mantener una multitienda que una tienda multiidioma, salvo que vayas a poner diferentes precios o contenidos (y no me refiero al cambio de moneda o traducciones por que para eso está el módulo de currency y el multiidioma) como por ejemplo que el precio en españa sea 10€ y en méxico sea de 13€ (o su equivalente en pesos mexicanos) o que por ejemplo haya productos que no se muestren en una u otra tienda, ahi si necesitas multitienda, si no, no te compliques y usa multiidoma.
En cuanto a hacer diferentes tiendas con diferentes dominios, también sería más sencillo con multitienda que separando cada dominio en cada tienda (imaginate tener que crear 50 productos en las 3 tiendas, un cambio de precios en las tres tiendas etc el tiempo y energía invertido sería enorme para mantenerlas), esto te va bien para el SEO pero tienes que tener un dominio diferente para cada tienda y hacer SEO (posicionar) cada dominio por su lado en los diferentes dominios de google (google.es, google.com, google.com.mx etcetera) si no lo vas a hacer así, no te merece la pena
Yo no te recomiendo que pongas diferentes prestashops con diferentes dominios si vas a tener exactamente el mismo contenido pues ahi google si te lo penalizará como contenido duplicado. Si usas multitienda con diferentes dominios, también será contenido duplicado. Ahora bien si usas un multiidioma con el mismo producto, no será contenido duplicado, ya que el producto es el mismo con diferente idioma, aunque este sea en ambos casos español, lo unico que cambia es el idioma, no obstante recuerda que en cualquier caso, esto solo te pasará si el contenido es en el mismo idioma, si usas el mismo contenido pero la traducción al inglés, ya no será contenido duplicado.
El contenido duplicado puede ser externo, es decir que tengas dos dominios diferentes con el mismo contenido, o interno, es decir que tengas diferentes webs con el mismo contenido, ten cuidado con eso... Lo mejor es que si tienes méxico y españa, dejes solo idioma español, y que el multiidioma lo hagas sólo para idiomas distintos, y salvo que quieras cambios (diferents imagenes, diferentes contenidos, diferentes precios, diferentes stocks) entre las tiendas, no uses multitienda, si no multiidioma.
Un saludo.