Hola
Lo que tú quieres hacer se llama clon.
Para clonar, no tienes que hacer nada antes, se hace todo después de haberlo copiado a la carpeta clon.
Los pasos son
1 - Crear una carpeta se llamará clon
2 - Crear una base de datos de nombre clon
3 - Copiar la carpeta original a la carpeta clon
4 - importar la base de datos original a la base de datos creada clon
5 - Ahora es cuando hay que modificar la base de datos clon y el directorio clon
Y es así como te funcionará bien