Risolto il mistero.
Il problema di visualizzazione dei prootti nelle categorie non principali era dovuto al filtro di ricerca dei prodotti (Ricerca per Aspetti).
Nelle importazioni del modulo c'è l'idicazione "Mostra solo i prodotti della categoria predefinita" se attivata vengono ignorate tutte le assosciazioni prodotti-categoria ad eccezione della cateria predefinite.
Piu semplice di cosi non poteva essere ma si impara sempre.