Buenas,
Las copias que genera el sistema "autoupgrade" de Prestashop no son muy fiables, es recomendable usar un sistema de copias externo.
No obstante llegado este punto, puedes restaurarlo de forma manual, Prestashop almacena la copia en la carpeta:
/adminxxx/autoupgrade/backup/
La carpeta /adminxxx/ tienes que reemplazarla por tu carpeta admin correspondiente. Dentro de la carpeta /backup/ encontraremos un zip con los ficheros y una carpeta con la copia de la base de datos, un ejemplo en la captura adjunta.
Eliminando todos los archivos de Prestashop, subiendo ese zip ya tendríamos los archivos previos a la actualización. Luego desde phpmyadmin o el gestor de bases de datos que utilice tendría que restaurarla con el fichero .sql que se encuentra en la carpeta /adminxxx/autoupgrade/backup/V1.x.x.x_xxxxxxxx/
