Ho appena risolto così facendo:
require_once ('../../config/config.inc.php');
include('../../init.php');
include_once('../../classes/Cookie.php');
$cookie = new Cookie('psAdmin'); //bisogna essere ADMIN per leggere completamente "employee"
$id_employee = $cookie->id_employee;
l'ho appena dedotto da qui: http://doc.prestashop.com/display/PS17/Managing+Cookies