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Añade esto al custom.js de tu plantilla:

var timeoutSeconds = 3;
var showModal = prestashop.blockcart.showModal || {};
prestashop.blockcart.showModal = function (modal) {
    var $body = $('body');
    $body.append(modal);
    $('#blockcart-modal').modal();
    $body.on('click', '#blockcart-modal', function (event) {
        if (event.target.id === 'blockcart-modal') {
            $(event.target.id).modal('hide');
        }
    });
    $('#blockcart-modal').on('hidden.bs.modal', function (event) {
        $('#blockcart-modal').remove();
    });
    setTimeout(function() {
        $('#blockcart-modal').modal('hide');
    }, timeoutSeconds * 1000);
};

en la primera línea ajustas los segundos (actualmente 3). 

Igual tienes que borrar tu caché después para verlo.