Zunächst wäre es natürlich einfacher, wir würden die Odrnerstruktur kennen 
Letzendlich kannst du diese aber problemlos eine Ebene weiter runter setzen, dann musst du nur die Umleitungen richtig setzen.
Beispiel:
DomainA liegt in .....public_html/DomainA
Dann ist die Umleitung .....public_html/DomainA
Es kann sein, dass da am Ende noch abschliessende slashes (/) hinmüssen, je nachdem, wie das vom Hoster konfiguriert wurde. Zerschossen wird hierbei nichts, nur erreichst du dann eine saubere Trennung der Domaininhalte, bei späteren Umzügen zu anderen Hostern kann dann alles sauber umkopiert werden. Der DNS zielt i.d.R. auf den public_html, dort findet er dann die Umleitung und lenkt es korrekt zu deiner Seite.
Wenn du etwas umbenennst, musst du im Prinzip nichts weiter tun, um ins Backoffice zu kommen, da dort nur Domainnamen gesetzt werden, und die kriegst du ja durch die Umleitung hin. Die URL-Angabe ist genau die, die man eingibt, um den Shop von aussen zu erreichen. Wenn du in dem Zuge natürlich direkt die Domain ansprichst, diese vorher aber mit einer Subadresse erreicht wurde, musst du den Eintrag ändern.
Beispiel: Vorher http://sub.domain123.com und jetzt http://domain123.com dann muss natürlich im Backoffice auch alles auf dieses geändert werden