Ogólnie jeśli miałoby to odbywać się profesjonalnie to
1. Środowisko produkcyjne (np. jakastamtwojastrona.pl)
2. Środowisko testowe (developerskie) (np. dev.jakastamtwojastrona.pl) któraj jest oczywiście po .htaccess
Między nimi powinieneś miec GIT'a. Wtedy wszystko robić na środowisku testowym, i wrzucasz deploy na produkcje. Jeśli coś jest nie tak wycofujesz zmiany. Tam panujesz nad wszystkimi commitami.
Oczywiście wszystko po SSH. Nie wyobrażam sobie, że ktoś robi to przez FTP.