Bonjour.
La raison de cette disparition du message d'alerte est lié au comportement css de votre header. Visiblement vous avez appliqué une règle de position fixe à celui-ci en version mobile. Or l'emploi de ce type de positionnement implique une prise en compte du comportement de celui-ci vis à vis du reste des éléments de votre page.
Ainsi votre message d'alerte n'a pas disparu, il est simplement passé sous le header.