Dafür baut man sich im Script einen strtolower-Befehl ein, also die die Eingabe mit diesem Befehl in kleine Buchstaben umwandeln und erst dann weiterverarbeiten. Damit ist es egal, was die Leute da reinschreiben und der Fehler kann nicht mehr auftreten.
In etwas so: (Annahme: es soll die Abfrage der Mailadresse geprüft und ggf. geändert werden, erst dann geht die Mailvariable in der korrekten Form weiter)
input $mailin
$mail = strtolower($mailin)
und ab da macht man dann mit der $mail-Variable im korrekten Format weiter
Wie man es im Script umsetzt, müßte man im genauen Listing sehen, aber so in etwa macht man das, dann ist man vor solchen blöden Überraschungen sicher 
Im Beispiel ändert man die Variable, die die Mailadresse enthalten soll, beim Input ab (hier von $mail in $mailin) und verarbeitet Sie mittels strtolower weiter, dadurch werden eventuelle Großbuchstaben in Kleinbuchstaben umgewandelt und die Variable $mail korrekt befüllt.
Wenn ich weiß, dass mein Script hier nicht fehlertolerant ist, dann muss sowas auf jeden Fall rein.
Schönen Abend noch 