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Tengo siguiente CSS custom.css que ubica el menú de forma vertical, pero al parecer se movió algo, que lo ubica en otra posición, adjunto la imagen. antes de eso solo puse el logo mas grande, en el Front,  dejo el código del CSS  y lo que cambie en header.tpl

..\themes\classic\assets\css\custom.css

.top-menu{
    text-transform:capitalize;
}
 .top-menu .sub-menu {
    box-shadow: 2px 1px 11px 2px rgba(0,0,0,.1);
    border: none;
    margin-left: .9375rem;
    width: inherit;
    min-width: inherit;
    z-index: 18;
    position: absolute;
}
#header .menu, #header .menu>ul>li {
    display: inline-block;
    position: relative;
}
.top-menu .sub-menu ul[data-depth="1"]>li {
    float: left;
    margin: 0 1.25rem;
    clear: both; text-transform: inherit !important;
}
.h1, .h2, .h3 {
    text-transform: inherit !important;
    color: #232323;
}

..\themes\classic\templates\_partials\header.tpl
Para que el logo salga completo cambie los números en "col-md-12"

{block name='header_top'}
  <div class="header-top">
    <div class="container">
       <div class="row">
        <div class="col-md-12 hidden-sm-down" id="_desktop_logo">
            {if $page.page_name == 'index'}
              <h1>
                <a href="{$urls.base_url}">
                  <img class="logo img-responsive" src="{$shop.logo}" alt="{$shop.name}">
                </a>
              </h1>
            {else}
                <a href="{$urls.base_url}">
                  <img class="logo img-responsive" src="{$shop.logo}" alt="{$shop.name}">
                </a>
            {/if}
        </div>
        <div class="col-md-12 col-sm-12 position-static">
          {hook h='displayTop'}
          <div class="clearfix"></div>
        </div>
      </div>
      <div id="mobile_top_menu_wrapper" class="row hidden-md-up" style="display:none;">
        <div class="js-top-menu mobile" id="_mobile_top_menu"></div>
        <div class="js-top-menu-bottom">
          <div id="_mobile_currency_selector"></div>
          <div id="_mobile_language_selector"></div>
          <div id="_mobile_contact_link"></div>
        </div>
      </div>
    </div>
  </div>
  {hook h='displayNavFullWidth'}
{/block}

y el menú que funcionaba bien dejo de funcionar tiene que ver con la posición en el CSS pero no doy el tema.