Cześć, ogólnie praca z modułami zależy od Ciebie. Jeżeli autor udostępnia kod źródłowy no to hulaj dusza, możesz robić co chcesz tylko z zachowaniem odpowiednich wytycznych, bo tak jak myślisz - jedna aktualizacja i po Tobie.
Prace widokowe modułów robimy w oparciu o szablon, czyli np. classic/modules/moduł/views/template/hook.tpl (https://devdocs.prestashop.com/1.7/themes/reference/overriding-modules/)
Prace w controlerze czy głównym module wykonujemy w folderze override (https://devdocs.prestashop.com/1.7/modules/concepts/overrides/)
Praca z szablonem - jeżeli nie masz czasu, lecisz na żywca (pamiętaj o backupie), jeżeli możesz to zrobisz child_theme i wtedy wprowadzasz tam zmiany i podmieniasz na bieżąco wszystko - szczerze, nigdy z tego nie korzystałem (inni dev mnie teraz chlastają), ale tak jest dla mnie i klienta szybciej.
Wykonanie overridów na pewno na początku będzie trudne i niezrozumiałe, ale jak przyjdą aktualizacje to będziesz sobie dziękować, że się tego nauczyłeś 