In der .css von Dir kann ich nichts sehen, was das verursachen würde.
Schreib mal in die custom css folgendes rein:
.product-images > li.thumb-container {
display: inline;
Und überprüfe, ob die Klassen in der Datei product-cover-thumbnails.tpl noch so vorhanden sind, mittels Inspector.
Das ist zwar der Originl-Code, der in der classic theme.css steht, aber vielleicht ist da ja irgendwo was bei Dir passiert.
Und nochwas: Ich arbeite nie direkt auf meinem gehosteten Schop, immer local. Wenns dann funktioniert, stelle ich Änderungen online. Ich kopier mit auch immer die Originaldateien vor Änderungen.