Compilé ton apache ? Là c'est un peu hors de mes connaissances.
Lorsque j'avais testé pour la 1ère fois une installation en ligne pour voir si je n'avais pas de soucis avant de me lancer dans la personnalisation, j'ai eu des bugs à cause de la version de php par défaut qu'utilisait mon hébergeur. Comme la 1.7.6.8 utilise php 7.1, j'ai donc rétrogradé dans cette version et tout a fonctionné.
Je n'avais pas non plus ce soucis d'erreur 404. Et là si alors que les seuls fichiers que j'ai touché se sont ceux du thème Classic dont j'ai fait une copie dans mon thème personnel.
D'ailleurs, au niveau des fichiers, ce sont les originaux. Donc, ça ne vient pas d'un soucis qui vient de mes modifications. Ce n'est pas non plus mon thème perso qui est en cause puisque le soucis est toujours présent avec celui par défaut.
J'ai regardé dans la BDD et je n'ai rien vu qui indique une url menant vers le dossier install. Donc, je me dis que ça doit venir d'un des fichiers qui a été modifié lors de l'installation mais je ne sais pas lequel ou lesquels.
Edit : une petite nouveau. j'avais indiqué dans mon premier message que quand je cliquais sur une sous-catégorie, j'obtenais le message :
[Debug] This page has moved
Please use the following URL instead: http://dnoi.fr/store/4-hommes
Et bien sans rien faire de plus, maintenant, j'obtiens "La page n’est pas redirigée correctement". C'est à rendre fou.
Edit : j'ai enfin une amélioration. Dans le BO, j'ai activé "Activer le SSL" ainsi que "Activer le SSL sur tout le site". Il semble que tous les liens (catégorie, footer, ...) fonctionnent à présent. Le dernier soucis qu'il me reste est l'accueil. Que j'inscrive moi-même l'url ou que je clique sur le logo, je suis toujours redirigé vers cette erreur 404 à propos du dossier install.
Edit 2 : heu... Comment dire ? Hé bien le problème a disparu. Je ne comprend absolument rien car je n'ai touché à rien sauf à ajouter des catégories, caractéristiques et filtres. Et subitement, l'accueil fonctionne. Il y a de quoi rendre fou ^^
En espérant que le soucis ne va pas ressurgir sans raison comme il a disparu.