Los códigos EAN son únicos para cada artículo a nivel mundial, si ese artículo no tiene combinaciones el EAN será para el artículo. Si el artículo tiene combinaciones cada combinación tendrá su EAN único (pero entonces el artículo no). Cada combinación puede tener su propia referencia única también.
Si tus combinaciones existentes ya tienen una referencia y tu nuevo archivo Excel tiene esa referencia además de los códigos EAN, se actualizarán.