Edit History

Introduce los cambios de CSS en el archivo /themes/nombre-de-tu-tema/assets/css/custom.css. De ese modo no se sobreescribirán al actualizar Prestashop. Si usas el tema "classic" (el que viene por defecto con Prestashop), creo que no lo sobreescribe, pero tampoco estoy seguro si respeta siempre ese archivo. De todos modos, en el peor de los casos bastaría con tener guardada una copia y volverla a subir después de actualizar.