Hallo, du musst das Denken in "Kategorien" / Unterkategorien usw. vergessen. Genau daher gibt es ja eine ID für jeden Artikel.
Die Kategorien usw. müssen im Shop erstellt sein nach deinen Wünschen. Wohin die ID dann geschoben wird ist der CSV egal, das macht der Shop.
Bei so vielen Artikeln und täglichem Abgleich würde ich aber empfehlen daß ein Skript nur die geänderten Artikel rausholt und nur diese updatet. Geht schneller und sicherer und ggf. hat man so auch noch einen manuellen Überblick.
Generell: ggf. ist hier ein Umweg über eine Wawi der bessere Weg, denn PS kann das nicht automatisiert, eine Wawi ggf. schon mit Hilfe eines Supports/Entwicklers. Deswegen: entweder die CSV kommt schon richtig, was natürlich schwer ist bei Drittanbietern oder du musst sie (täglich) anpassen. Per Skript könnte man das ggf. über die Bezeichnung filtern und die ID vergeben, aber alles das muss sich ein Programmierer ansehen.