El prestashop le puedes asignar un impuesto por pais, pero no por usuario, vas a tener que hacer un desarrollo a medida. O un descuento del X% a un grupo de clientes
Este modulo deberia leer el cliente, saber si esta en un grupo de clientes "certificados" y entonces asignarle un impuesto a ese producto.
Complicado, no se hasta que punto se puede hacer.
Obviamente antes el cliente debe haber enviado una documentación y ser cliente registrado.
Tambien tengo curiosidad, la tienda vuestra esta en España? no habia oido nunca que el impuesto cambiase dependiendo del tipo de cliente.