Pues lamento decirte que no he podido solucionarlo por las buenas, con el propio PrestaShop o algún módulo.
He tenido que hacer un desarrollo propio y en una gestión aparte de stock, guardo en la base de datos el stock inicial del producto (por ejemplo 5), que a su vez se guarda en las combinaciones (en todas pongo 5 tambien). Al hacer una compra se descuentan en las combinaciones (5 y 4 por ej.) y en el producto principal (prestashop me lo pone a 9), y mediante un evento, comparo el valor inicial que yo establecí (5) con lo real (5x2 - 9 = 1), indica que he vendido 1, y si la diferencia del inicial menos lo vendido es menos o igual que 0, actualizo la base de datos y pongo tanto las combinaciones como el principal a 0. Algo complejo pero funciona.