Hola Edison , si es lo que había pensado en desarrollar pero no tengo grandes conocimientos en programación.
Lo que si he podido ver es que la propia plantilla te da la opción de cambiar la opción de contar por producto o por combinación.
Hay que ir a CONFIGURACIÓN > Parámetros de la tienda > Configuración de Productos > Productos (general) > Descuentos por cantidad basados en: y cambiar de Productos a Combinaciones. Con esto hace el cálculo para los descuentos como quiero.
Gracias a todos.