wieder mal in den Filter geraten ...
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Marktplatz-Module enthalten normalerweise viele Funktionen, die du nicht brauchst und sind entsprechend teuer, ich kenne mich mit diesen aber nicht näher aus da ich nur einen ganz normalen Shop habe.
Per Einstellung kannst du die automatische Mail nicht abstellen, da müßtest du mal schauen, ob du eine entsprechende Anweisung in den Moduldateien findest. Vielleicht kann man auch einfach die Mailvorlage entfernen bzw. umbenennen.
Um HTML handelt es sich nicht, sondern um die Template-Sprache (bei 1.6. Smarty, wird bei 1.7 teils von Symphony abgelöst), zumindest Smarty ähnelt sehr PHP. Ich verwende z. B. folgenden Code für Texte abhängig von der Zahlungsart:
{if $order->payment|strstr:'Rechnung'}
<p>Text</p>
{else if $order->payment|strstr:'Amazon Advanced Payment APIs'}
<p>anderer Text</p>
{/if}