Al fin he encontrado el fallo. lo dejo aquí por si a alguien le sucede lo mismo.
en el archivo core.js que se encuentra dentro de "themes" hay que modificar este código:
(".quickview .product-variants .page-product:not(.modal-open) .row .product-variants").replaceWith(e.product_variants)
por este otro:
(".product-variants").replaceWith(e.product_variants)
y a continuación borrar la caché o pulsar las teclas ctl+F5
Espero que os ayude a todos.
PD: los cambios que hice en controllers/front/productController.php NO son necesarios.
PD: Prestashop ordena las combinaciones en el front por orden alfabetico. Por mucho que modifiques la posición de los atributos en el admin, no los verás modificados en el front. Solo sirve para saber cual es el que tiene preferencia sobre el otro. No es lo mismo que una camiseta de color rojo tenga la talla "S,M y L" o que la talla "S" tenga los colores "Rojo,rosa y negro". Es decir. según quien pongas primero mostrará una lista desplegable del que pongas como segunda posición.
Un saludo.