Dieser letzte Satz zeigt, dass es da Defizite gibt, was das Buchhaltungswissen abelangt 
Du versteuerst genau das, was aufgrund der geflossenen Gelder zu versteuern ist, daher weist man das Skonto dann getrennt aus und die Summen stimmen wieder, unabhängig davon, wann was rausgerechnet wurde. Bei Rabatten wäre ich vorsichtig, denn die können leicht mit der Preisangabenverordnung und den aufgeführten Grundmengenangaben in Konflikt kommen.
Rabatte müssen schon vor Kaufabschluss gegeben sein und dann auch unabhängig der Zahlweise gewährt werden, da könnte ein Abmahner sonst leicht auf komische Ideen kommen. Wenn man auf der Seite mit den Zahlweisen die Gebühren bzw. Skonti ausweist, dürfte es wasserdicht sein, weil man da sauber abtrennt zwischen Rabatten und Gebühren/Skonti.
Im Grunde genommen muss der Kunde eine Rechnung erhalten, auf der das zu ziehende Skonto in den Zahlungsbestimmungen steht, was er dann wie abzieht, bzw. du abziehst, ergibt sich aus der Zahlung selbst und wird daher dann auch getrennt gebucht. zunächst steht der volle Rechnungsbetrag in der Buchhaltung.