Skonto hat nichts mit dem Produkt per se zu tun, das wäre Rabatt. Skontiert werden nur die Rechnungen, rabattiert dagegen die Artikel. Lernt man beim Buchhalten ziemlich früh... Skonto ist quasi eine Belohnung für ein bestimmtes Zahlungsverhalten, Rabatt ist dagegen eine im Vorfeld ausgehandelte Preisminderung, die mit dem Zahlungsverhalten nichts zu tun hat.
Da bei Vorkasse die Zahlung in der Regel vor der Rechnungsstellung erfolgt, ist dann eben die Skontoregel erfüllt und wird angewendet. Da die Mehrzahl der mir bekannten Anwender mit der sogenannten Ist-Verbuchung arbeiten, wird danach dann auch die Umsatzsteuer entsprechend über die Skontokonten berichtigt, sowohl im Ein- als auch Verkauf