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Hé bien une fois qu'on a compris le principe... c'est plutôt facile :

J'ai appliqué mon Hidden conditionnel à l'élément supérieur <div class="product-quantité Row sm-bottom"> au lieu de simplement l'appliquer à <div class="qty">, puisque cet élément supérieur contient le label que je voulais faire disparaitre

{block name='product_quantity'}
      <div class="product-quantity row sm-bottom{if $product.is_virtual} hidden{/if}">
        <label class="form-control-label col-3">{l s='Quantity' d='Shop.Theme.Catalog'}</label>
        <div class="col-9">
          <div class="qty">
            <input
              type="number"
              name="qty"
              id="quantity_wanted"
              value="{$product.quantity_wanted}"
              class="form-control"
              min="{$product.minimal_quantity}"
              aria-label="{l s='Quantity' d='Shop.Theme.Actions'}"
            />
          </div>
        </div>
      </div>
    {/block}