setze mal den max_execution_time in php.ini manuell höher ein und testen ode du kannst sie auch in der fcgid.conf höher setzen ,
etwas so vielleicht
<IfModule mod_fcgid.c>
AddHandler fcgid-script .fcgi
FcgidConnectTimeout 20
FcgidBusyTimeout 3600
FcgidIOTimeout 600
FcgidMaxRequestLen 314572800
</IfModule>
Damit solltest Du keine Probleme mehr mit timeouts haben.
Laut Changelog sollten die Werte in der fcgid.conf von LC dynamisch an die max_execution_time in der php.ini der Webs angepasst werden. Eventuell setzt Du die Werte halt von Hand hoch in der fcgid.conf.