Internacional -> Ubicaciones geográficas.
Debes crear una zona para cada una de las ubicaciones que necesites usar. Por ejemplo, una que sea "Bolivia", y otra "Países limítrofes".
Luego vas a la pestaña "Países" y asignas cada país a la zona que quieras. Si no es el país completo el que forma una zona, sino sólo ciertas partes de él, en vez del país completo deberás asignar las provincias, desde la pestaña "Provincias" (entras a modificar cada provincia y le asignas la zona que le corresponda).
Finalmente, en Transporte -> Transportista -> Elegir el que quieras y modificar, vas al punto 2 (Localización de destino y gastos de envío), y puedes usar las zonas que creaste al principio para asignar las opciones de transporte que quieras (precio, envío gratis, etc).